Shinobi du clan Yuki, Haku est l'une des premières adversaires du manga. Elle fera équipe avec Zabuza comme ninja mercenaire et se distinguera par son intelligence, notamment durant son combat contre Sakura.
Subordonnée d'Orochimaru et membre du clan Uzumaki, Karin fait partie du groupe créé par Sasuke afin de retrouver Itachi. Elle est un ninja puissant mais se fera berner par Sasuke à cause de ses sentiments envers lui.
Nukenin de rang S et membre de l'Akatsuki, Kakuzu est un ninja très dangereux. Il est quasiment immortel et seul Naruto sera en mesure de le vaincre.
Sasori est l'un des personnages les plus appréciés de l'Akatsuki. Avec ses techniques de marionnettiste, il a donné beaucoup de fil à retordre à Sakura et Chiyo.
Maître dans l'art de l'explosion, Deidara est un ninja très puissant, il a notamment été capable de battre Gaara. Sasuke ne parviendra pas non plus à le battre et c'est seulement son attaque suicide qui le tuera.
Grâce à son immortalité, Hidan est un personnage très puissant. S'il n'a pas forcément de techniques très fortes, sa capacité à ne pas mourir lui donne un avantage dans les combats. Il arrivera notamment à tuer Asuma.
Zabuza est le premier ennemi très puissant que va affronter l'équipe 7. Il sera finalement tué par Kakashi mais fera preuve d'une maîtresse exceptionnelle de l'épée. Il est l'un des sept épéistes de la Brume de Kiri.
Surnommée Ange de Dieu, Konan a été entraînée par Jiraya et a plusieurs capacités sensorielles très puissantes. Elle peut décupler son corps en des minuscules bouts de papiers et se battre avec. C'est l'un des membres les plus importants de l'Akatsuki. Partenaire de Nagato, elle sera finalement battue par Tobi.
Coéquipier d'Itachi, Kisame est un ninja très puissant, spécialiste des combats aquatiques. Il peut se transformer en requin et manie une arme redoutable. Sa force et ses attaques font de lui un Shinobi très dangereux.
S'il devient plus tard le cinquième Kazekage, Gaara a été présenté au départ comme un antagoniste. Avec ses pouvoirs de sable, il était très puissant et a offert des combats dantesques contre Rock Lee, Sasuke ou Naruto. Il est également un possesseur d'un démon appelé Ichibi.
Homme de l'ombre, Danzo est un antagoniste par excellence dans Naruto. Il est celui qui a commandité le massacre du clan Uchiwa afin de s'emparer de leurs pouvoirs et de devenir Hokage. Sasuke finira par le tuer mais Danzo reste un méchant manipulateur et puissant du manga.
Zetsu est un personnage énigmatique de Naruto. Il a été créé par Madara qui lui a implanté sa volonté. En réalité, Zetsu travaillait dans l'ombre pour ramener à la vie Kaguya. Il va réussir à tromper tout le monde et à manipuler des ninjas puissants comme Obito ou Madara.
C'est peut-être le méchant le plus iconique de Naruto. Orochimaru est un ninja en quête de savoir et de puissance. Ses ambitions sont sans limites et il va même parvenir à tuer le quatrième Hokage. Il craint par beaucoup de ninjas, à cause son statut légendaire.
Kabuto est l'élève et l'espion d'Orochimaru. Après la mort de son maître, il va perfectionner ses expériences et modifier son corps jusqu'à devenir selon lui, l'être le plus proche de l'Ermite Rikudô.
Mettre Itachi dans ce top est complexe, sachant les réelles motivations de celui qui a massacré le clan Uchiwa. Itachi est probablement l'un des personnages les plus appréciés de Naruto et malgré son statut d'anti-héros, ses actions et son association avec l'Akastuki font de lui un antagoniste majeur de la saga. La maladie a freiné sa progression qui aurait pu être encore plus forte. C'est grâce à lui que Sasuke a retrouvé le droit chemin.
Nagato est le chef de l'Akatsuki. S'il utilise le corps du défunt Yahiko en public avec les 6 voies de Pain, Nagato est l'un des ninjas les plus puissants de Naruto. Il va détruire Konoha et tuer plusieurs personnages puissants. Il sera finalement raisonné par Naruto mais il reste un méchant important du manga.
Si Sasuke est présenté comme l'un des trois protagonistes de l'œuvre, ses actions disent le contraire. Il a attaqué Konoha et a essayé de tuer Saskura et Naruto à de nombreuses reprises. C'est l'un des ninjas les plus puissants de Naruto mais également un homme tourmenté et facilement manipulable.
D'abord présenté sous le nom de Tobi, ce membre de l'Akatsuki va finalement se révéler être Obito, l'ancien coéquipier de Kakashi. Il est l'un des principaux antagonistes et acteurs et la quatrième grande guerre Ninja. Il sera à la fin du manga, l'un des personnages les plus puissants.
C'est LE méchant de Naruto. Celui qui a tout mis en œuvre pour préparer son retour et sa vengeance. Il est si puissant qu'il va obliger tous les villages à se hisser contre lui. En mode Hermite, il sera considéré comme le personnage le plus puissant du manga.
C'est bien Kaguya, l'antagoniste final de Naruto. Matriarche du clan Ôtsutsuki, elle est la première personne à avoir utilisé le Chakra sur la Terre. Sa puissance est sans limite et c'est la réincarnation de Jûbi.