Le problème a d'abord été mis en lumière par les joueurs et a vite été signalé par Konami :
"Dans Metal Gear Solid V : The Phantom Pain, sorti le 1er septembre 2015, il existe une possibilité de corruption de sauvegarde qui empêchera la progression. Si vous utilisez Quiet en tant que compagnon pendant les missions 29 et 42, vous vous exposez à la corruption de votre fichier de sauvegarde. Cette situation peut être évitée : n'utilisez pas Quiet en tant que compagnon lors des missions 29 et 42. Nous vous présentons nos excuses sincères et apprécions votre patience quant à des futurs annonces concernant ce problème." peut-on lire sur le site de support du studio.
Il est cependant possible d'avoir Quiet pendant ces missions si vous utilisez l'emblème Papillon pendant la mission ou en évitant de monter le niveau de lien avec Quiet au maximum. L'équipe travaille actuellement à un patch pour fixer le bug et réparer les sauvegardes corrompues. Aucune date précise n'a cependant été communiquée par le studio.